Hay que agregar dos lineas al archivo config.inc.php:
$cfg['Servers'][$i]['pmadb'] = 'phpmyadmin';
$cfg['Servers'][$i]['relation'] = 'pma_relation';
Luego desde PhpMyAdmin, vamos a Importar:
Y allí importamos el archivo create_tables.sql localizado en la carpeta scripts de PMA.
Eso es todo: