Muchas gracias por responder. ya lo he resuelto aqui pongo como lo resolvi para si alguien se encuentra con el mismo problema:
Código Javascript :
    var saveData = Array(); //Declaro el arreglo
    saveData[0] = 2;
    saveData[1] = 1;
    //Lo convierto a objeto
    var jObject={};
    for(i in saveData)
    {
        jObject[i] = saveData[i];
    }
    //Luego lo paso por JSON  a un archivo php llamado js.php
    jObject= JSON.stringify(jObject);
    $.ajax({
            type:'post',
             cache:false,
             url:"js.php",
            data:{jObject:  jObject},
            success:function(server){
            alert(server);//cuando reciva la respuesta lo imprimo
               }
     });
     });
el archivo PHP:
Código PHP :
<?php
    $data = json_decode($_POST['jObject'], true);
    print_r($data[0]);//Imprimirá la primera posición del arreglo en este caso es un 2
    ?>