Osea, aunque la variable cliente este vacia sigue preguntando por la cantidad?
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<title>Documento sin tÃtulo</title>
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<script>
var total=0;
do {
var cliente=prompt("introduce cliente");
var cantidad=parseInt(prompt("introduce cantidad"));
total += cantidad;
}while (cliente!="");
alert("Cantidad total: " + total);
</script>
<body>
</body>