Ayuda con pagina

Hola buenas. Antes de empezar ya digo que no sabia en que categoría poner este tema y lo he puesto aquí para poner uno.

Estoy haciendo un programa web para llevar los clientes, ventas, y reparaciones de mi empresa. El problema es que me voy encontrando con problemas y creo que son por culpa de la estructuración de divs que tengo.

Tengo una barra superior con los botones para cambiar de sección de la pagina, pero estos lo que hacen es llamar un javascript que carga una pagina dentro de un div "contenedor" y cada vez que pulsas un botón carga una pagina diferente. El caso es que dentro de esta pagina, hay mas botones para editar o borrar clientes, ventas o reparaciones, y estos botones llaman un formulario en una pagina php que quería que saliera como un popup del estilo que muestro en el ejemplo. Pero no hay manera, y creo que es porque tengo este lío de paginas enteras dentro de divs etc...
Porque también me encuentro con el problema que las paginas que se cargan dentro del div no encuentran los estilos porque es como si estuviera en el directorio de la pagina principal. Es todo un lío, y por todo esto:

Estoy pensando en reestructurar la pagina de nuevo, de diferente forma, no me sabe mal empezar de 0 otra vez, pero no se como hacerlo para cambiar de sección sin re-actualizar la pagina y que no tenga estos problemas que tengo ahora. He visto paginas que cambian de sección y hacen una transición y queda muy bonito y ágil pero, ni idea de como hacerlo.

Muchas gracias y perdón por el tocho.

Ejemplo div popup: [url=http://istockphp.com/demo/creating-popup-div-with-jquery/][/url]

En efecto, estas cargando páginas que tienen rutas relativas, por eso dejan de funcionar, los estilos e imágenes.

Puedes hacer la transición pero vas a tener que traer solo el código y sin estilos.

Así todos los CSS y los JS se van a quedar en la página principal, si no es tan necesario, recomiendo utilizar el viejo estilo de cambiar de página, es un clasico de la UX cuando es una sección completamente diferente.

Esque no quiero que se cargue la pagina entera cada vez que cambio de categoria, y ademas le he añadido unos efectos para que haga una transicion. Aqui me esta pasando lo mismo, tengo este script que esta dentro de una pagina ejecutada dentro del div, y funciona solo hasta que sale el popup, le des al boton que le des no sale nada, y tendria que salir el alert, y no se como solucionarlo tampoco...

Código :

<script language="Javascript"> 
   //Script que nos muestra un popup para aceptar o cancelar
   function borrar(id){ 
      confirmar=confirm("Estas seguro que quieres borrar?"); 
      if (confirmar) 
      // si pulsamos en aceptar
      alert('Has dicho que si');
      
      else 
      // si pulsamos en cancelar
      alert('Has dicho que no'); 
   } 
</script>