me encontre en este foro http://www.ozzu.com/programming-forum/ el script para borrar directorios con php aunque tengan archivos, ya que se supone solo se pueden borrar vacios(no se supone,realmente es cierto eso) lo traje por que es de los pocos que encontre que si funcionan.

Código :

<?php

function delete_directory($dirname) {
if (is_dir($dirname))
$dir_handle = opendir($dirname);
if (!$dir_handle)
return false;
while($file = readdir($dir_handle)) {
if ($file != "." && $file != "..") {
if (!is_dir($dirname."/".$file))
unlink($dirname."/".$file);
else
delete_directory($dirname.'/'.$file);
}
}
closedir($dir_handle);
rmdir($dirname);
return true;
} 

?>