Bueno pues aunque el código es sencillo no es fácil de encontrar en la documentación... al menos para mi:
Código MySQL :
SELECT * FROM `tabla` WHERE `campo` REGEXP '(^|,)+3($|,)+';
Eso devolverá todos los registros que en el campo 'campo' contengan el caracter '3' que esté al inicio o inmediatamente después de una coma y además esté al final o inmediatamente antes de una coma por lo que si en el campo 'campo' hay un '23' no habrá coincidencia ya que el caracter '3' no está precedido por el inicio ni por una coma.
Por supuesto, puedes cambiar el '3' por una variable PHP:
Código PHP :
$numero = 3;
$sql = "SELECT * FROM `tabla` WHERE `campo` REGEXP '(^|,)+".$numero."($|,)+';"
Y servirá para cualquier número que estés buscando.