BuenAS:
Estoy bastante despistado y no acabo de captar cuál es el problema, así que deja de leer en el momento que me salga del tema

Comentar que Ant sirve para realizar/automatizar tareas. Por ejemplo, se me ocurre que si habitualmente trabajas con el framework Cairngorm, te puedes crear un build.xml para generarte el armazón del proyecto, y así automatizas el proceso de copiar/crear carpetas, clases .as y .mxml. En build.properties generalmente se incluyen las variables que necesita para construirlo todo: como quieres llamar a tu carpeta de publicación, dónde guardas los swc's que vas a utilizar, dónde vas a publicar...
Pero una vez que ejecutas el Ant, éste hace su trabajo (en este caso, generar un proyecto Cairngorm) y hasta la siguiente.
Se me ocurre que te interese utilizar unos valores/métodos/funciones cuando estás en fase de desarrollo y otros en fase deploy. Echa un vistazo al parámetro de compilación "define". Te permite crear namespaces independientes para la fase de desarrollo y la final:
Using conditional compilationOtra opción es que quieras, una vez entregada la aplicación al cliente, poder modificar valores, como que cambie la ruta a la base de datos donde se descarga un determinado catálogo. Para esto échale un vistazo a la actualización de AIR. Puedes configurar la aplicación para que cada vez que se inicie consulte si hay una nueva versión y muestre un mensaje invitando al usuario a actualizarse.
Un saludo.