Cambiar permisos de fichero con PHP pero Usuario distinto

Hola, necesito cambiar los permisos de muchos ficheros que tengo en mi servidor web y para ello me he creado un script php que usa chmod. El problema es que esos ficheros tienen como usuario y grupo uno distinto de "apache" (vienen de una copia de seguridad hecha por otra persona) y no me deja cambiarlos.
Sin embargo, si subo al servidor un archivo con php, el usuario y grupo del fichero es "apache", y con el script creado si que puedo modificar los permisos.

¿Cómo puedo cambiar los permisos de los ficheros antiguos con php?
Gracias

Mas Info:

http://cl.php.net/manual/es/function.chmod.php