Tienes la función getTimer() que mide los milisegundos que han transcurrido desde que empezó a correr la película. Así que no tienes más que guardar en una variable el getTimer cuando se pulsa por primera vez el botón y hayar la diferencia de ese valor con el getTimer cuando se haga el segundo click
Código ActionScript :
var t0:Number=0
buton.addEventListener(MouseEvent.CLICK,contarClick)
function contarClick(e:MouseEvent){
if (!t0){
t0=getTimer()
}else{
var inc_t:Number=getTimer()-t0
trace("Tiempo transcurrido "+inc_t)
t0=0
}
}