Actualmente Flash está en retroceso, lo cual no es lo mismo que decir que JavaScript haya cubierto el gap, aunque va mejorando caóticamente.
Una librería que me gusta para animación en Canvas es createJS, que de paso sigue mucho de los principios de animación de Flash, además de continuar el API de ActionScript, lo cual ayuda a la transición a quienes conocían algo de Flash,
http://createjs.com/Jorge