Cómo estructurar correctamente un menu de navegación con PHP

Hola a todos!
Tengo un problema que me si es posible; me gustaría que me echaran una mano. Resulta que tengo ya experiencia diseñando e implementando sitios web pero utilizando CMS (Wordpress y Drupal por ahora) sin embargo, tengo que hacer un sitio sencillo para un cliente igual de sencillo; pero deseo hacerlo utilizando PHP e includes, pero he leído aquí mismo que los includes no son recomendados entonces con qué metodología se tendría que hacer una página sencilla.

Además de esto, como se estructuraría el menú en PHP para incluirlo dinámicamente en el sitio (Con sus páginas y sub-paginas) o si es mejor dejar el menú estático con sus enlaces en HTML.

Gracias.

La gente llega con cada idea loca... ¿de dónde has sacado que include() no es recomendado?.

Escribe el código HTML del menú en un archivo aparte e inclúyelo con include(), o require() o require_once() donde lo necesites y listo.

Como dice DriverOP es el metodo necesario include y require. ¿que hace la magia? bueno depende del resto del sistema.

Mira este sencillo header que hice... esta con bootstrap por eso tiene mucho codigo basura.. pero lo unico que hago es llamar la pagina y envio una variable que hace que se resalte el menu dependiendo en que sección se encuentre.

Un metodo sencillo es:

en ves de vincular: hola.php

vinculas a: hola.php?sec=saludos;

y cuando entren a la pagina en tu menu le activas una clase CSS por ejemplo:

<a href="hola.php?sec=saludos" class="<?php if($_GET['sec'] == "saludos") echo "active" ?>">


PAra los menus dinamicos.. bueno depende de donde se va a guardar la información de las secciones que generes.

Saludos desde www.elporfirio.com