Controlar acceso a los módulos de una aplicación.

Estimados, como puedo agregar seguridad a mis módulos, por ejemplo; Programa que Ingresa Clientes, solo puedan acceder usuarios del sistema que estén habilitados.
Lo he podido hacer en PHP.

Gracias.

Me parece que es muy genérica tu pregunta, tenés una app en AS3?
va a correr en web? desktop? mobile? te equivocaste de foro?
En caso de web, definitvamente iría con mensajes AMF (es la codificación de adobe, mensajes super comprimidos, y seguros) y si queres más seguridad alguna validación tipo "token", por sesión de conexión (proba AMFPHP si estas comodo con PHP).
En caso de app para desktop, o movil, dudo mucho que se pueda hacer una inyección de datos ... si bien la db (SQLite) debe redicidir en el dispositivo, puede tener un password para abrirla.
Así que tu dirás que es lo que estas buscando.

Rodrigo, te comento que la aplicación es para WEB, la quiero hacer en adobe flex builder 3.5 que es el SW que tengo, mi idea es tener una tabla con los nombres de los programas y los usuarios que pueden ejecutarlo.

Saludos.

Los usuarios y programas son solamente registros en la base de datos? o te referis a programas que se ejecutan desde la aplicación web?
Como sea, fijate la libreria de AMFPHP que de seguro que te va a servir. De hecho como los datos de envio y recepción son bytearrays codificados, tenes la posbilidad de tipificar la data, replicando las clases en PHP y AS3, (por darte un ejemplo, una clase UsuarioVO)... manteniendo el datatype de las variables.
Fijate en los ejemplos para Flex de esa página, y vas a poder resolverlo sin problemas.