Para crear esta documentación de manera rápida y automática existe PhpDocumentor, es una herramienta libre que genera un HTML con toda la documentación de tu proyecto, así como un reporte de errores del mismo.
Descarga
Baja la ultima version de la web del autor: www.phpdoc.org
Instalación
Descomprime el archivo en tu servidor web, este puede ser local o en linea.
Configuración
En la direccion ..\PhpDocumentor\user duplica el archivo default.ini y ponle un nombre, ejempo: mi_proyecto.ini
Abre el archivo y modifica lo siguiente:
Ruta donde se guardara la documentacion creada
target = /you-MUST/change-me/to-fit/your-environment
Ejemplo: target = C:\Users\Documents\Documentacion de mi_proyecto
Ruta donde están los archivos de tu proyecto
directory = /you-MUST/also-change-me/to-fit/your-environment
Ejemplo: directory = C:\AppServ\www\mi_proyecto
Guarda los cambios.
Crear documentación
Entra a la aplicación de PhpDocumentor y en el Menú elige la opción Config, en la lista elige la configuración que creaste mi_proyecto y presiona Go, comenzara a crearse la documentación en el directorio que elegiste.
Saludos, no olviden seguirme Twitter @pandurito