ummm ¿yo? ¿porqué yo?

Bueno, no sé si entendí bien el problema, creo que lo que quieres hacer es un sitio que se vea bien tanto en 1024 X 768 y a la vez en 800 X 600... ésto según como lo veo sería un diseño líquido, es decir un diseño que se adaptaría a las diferentes resoluciones de pantalla. A la vez, veo que tienes dos archivos CSS que se abren según el tipo de resolución y que por ello las imágenes y los .swf no quedan bien.
La verdad no he trabajado así, con dos css según la reslución, sino que he hecho uno sólo en el cual trabajo algunos elementos con porcentaje. En el caso del header lo que hice fue una imágen de fondo que abarcara la máxima resolución que necesitaba y listo, como es un fondo, no tiene porque deformarse sino que si la resolución es más pequeña simplemente no se ve la imagen completa.
No sé si ésto es lo que necesitas.. ya que honestamente aun no entendí bien cual era el problema con las imágenes...