BuenAS:
La ventaja principal (es más de concepto que otra cosa) de utilizar la clase documento es que NO VAS A ESCRIBIR CÓDIGO EN LA LÍNEA DE TIEMPO. Compilas el Swf desde Flash Prof. pero como si utilizaras otro IDE como Flash Builder o FlashDevelop.
Pero aunque no utilices la clase documento, el swf que generas, no te creas que difiere mucho de un swf generado con una clase documento. Lo que pasa es que Flash Prof genera por tí una serie de clases (no se ven estas clases, pero si decompilas ese swf las podrás ver: esta clase documento, una serie de clases timeline, etc.) y escribe en ellas el código que tú has escrito en el timeline.
Así, por qué no ahorramos un paso a Flash Pro. y generamos nosotros la clase documento, evitando escribir código en el timeline
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Un saludo, y lo que digo, esto es más un tema de concepto que otra cosa.