lo que tienes que hacer es poner en una carpeta antes
osea si tu sitio es asi
c:/wampserver/wwwponer una ubicacion antes
c:/wampserverya que el servidor solo tendra acceso a la carpeta www, lo mismos ocurre en los hostings , claro si es que te deja ya que hay algunos que solo te dan acceso a una sola carpeta la cual es publica, ahora para aumentar la seguridad , siempre tienes que controlar cualquier variable que el usuario pueda manipular, y que este relacionada a algo importante como una consulta sql
Código PHP :
$query = "SELECT * FROM lista_productos WHERE id=" . $_GET['id'];
mira que estas dando a que ingrese algo mas que un simple numero ya que puede manipular la variable id hay otras variables de igual forma como las de $_COOKIE $_POST y las de $_FILE, hay otras que no muchos se percatan por ejemplo para saber la version de navegador y esas cosas son igualmente Variables que se pueden manipular