Saludos!
Diría que en la mayoría de los casos es una cuestión de gustos... cómo te sientes más cómodo. Aunque un proyecto bien estructurado siempre (dentro de lo posible) debe involucrar todos estos modos.
1. Es muy útil el código en línea de tiempo cuando tu código depende, precisamente, del tiempo, o cuando es un proyecto relativamente pequeño y no tiene mayor complejidad.
2. Los archivos externos ayudan a organizar los proyectos que ya no son tan pequeños, el problema es que ya no tenemos interfaz gráfica y trabajar con movieclips y sprites no es tan fácil como en línea de tiempo, pero nada que con algo de práctica no podamos manejar. Ayuda también a agrupar tu código y evitar que se te salga de control, jejejeje.
3. El documento clase es muy útil cuando debemos tener un control preciso sobre el movieclip principal de nuestro swf, como por ejemplo agregar algo de código a su constructor, que se llama antes de el código del primer fotograma
4. Con las clases del contenido de la biblioteca es algo similar al punto anterior, muy útil cuando necesites un control preciso y adicional al de las clases normales (movieclip, sprite, sound, etc).
Espero que esto te oriente un poco
