Soy amigo de evitar hacer referencia a cuestiones de gusto, ya que sobre gustos no hay nada escrito y es muy poco lo que podemos sacar en limpio para mejorar nuestro trabajo.
Con respecto al de las jornadas...
En terminos de funcionamiento me parece que las secciones en flash, tal y como están planteadas, no aportan mucho a la navegación, pero si al peso del sitio.
Usás Frames, son pesados y, por lo menos a mi me parece que son una práctica que hay que evitar y las barras de desplazamiento te arruinan totalmente el diseño.
Yo trataría de decidirme, si quiero que el visitante no cambie de página cada vez que hace clic en una sección y quiero tener algunos efectos, trataría de volcar todo a flash y que todo corra allí, si no trataría de hacer el código lo más ligero posible cosa que no tenga que esperar demasiado entre sección y sección.
Con respecto al diseño
Otra cosa es que trates de aprovechar mejor la paleta de colores.
Todavía no se aprecia demasiado porque no tienes contenido, pero es un ambiente demasiado monótono.
Prueba utilizar texto falso y cualquier imágen para diseñar hasta que tengas listo el contenido real.
El otro sitio me parece mejor plateado, pero acordate que los sectores que te orientan por defecto son la izquierda y arriba, no pierdas de vista eso cuando colocas elementos importantes como la navegación.
por otro lado, yo no usaría la tipografía del logotipo para todo el sitio ya que disminuye la importancia del logo y esa letra en particular es bastante confusa para leer.
uffff creo que me pasé, te aburrí y estás devuelta con lo tuyo...
Nada más.... Sigue trabajando, espero que los comentarios te sirvan para mejorar, sinó simplemente