Pues entonces este sería el código HTML para insertar tu swf y tener el fondo transparente:
Código HTML :
<object codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="ANCHO" height="ALTO" title="TITULO">
<param name="movie" value="NOMBRESWF.swf">
<param name="quality" value="high">
<param name="wmode" value="transparent">
<embed src="NOMBRESWF.swf" width="ANCHO" height="ALTO" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" wmode="transparent"></embed>
</object>
Cambia el nombre, tamaño, nombre.swf por lo correspondiente.