Hay un truco para ello, espero no complicarlo, a mi me salio de maravilla, gracias a esta informacion:
Using FsCommand in Macromedia Flash Project (ingles)En ella te explica que publicando el archivo en cuestion en formato "flash 5", puedes ejecutar archivos ejecutables en cualquier carpeta....
Yo idee un truco, aprovechandome de esa "vieja posibilidad" o caracteristica que tiene Flash 5.....
Bueno el truco es el siguiente, espero explicarlo bien:
Crea tu archivo flash el que sea, y en la ultima linea, bien sea un boton que lo "llame"
por ejemplo:
loadMovieNum ("truquillo.swf");
Creas entonces tu archivo "truquillo.fla" y en la primera capa, fotograma 1, escribes lo siguiente:
fscommand ( "exec", "presentacion.exe");
(si es un boton, seria asi)
on (release) (fscommand ( "exec", "presentacion.exe")

Ahora bien, el "truco" sencillo es que lo publiques en la configuracion de publicacion, como flash version 5, incluso, puedes llamarlo a la carpeta que desees, por ejemplo:
fscommand ( "exec", "carpetacualquiera/presentacion.exe");
Nota: Si el archivo ejecutable .exe que estas intentando ejectutar es un projector de flash(compilado desde flash), no importa que este mismo, este en otro formato superior, en Flash CS4, por ejemplo, "miarchivogenericoCS4.exe".
Espero que me hayan comprendido este "truquito", la verdad a mi ha servido muchisimo, estoy realizando CDs interactivos, utilizo compiladores como el MDM Zinc, o el Norhcode SWF Studio, por su versatilidad en incorporar iconos externos, quitar los bordes del projector, añadir sombras, etc., todo esto le da un acabado muy profesional, y la cuestion del "fscommand", me estaba trancando todo esto, espero que esto les sirva de ayuda como a mi me servio, ok?
Salu2 desde Venezuela, agur, adeu, adios, ciao!!