BlackDragon, te cuento que segun mi fresca experiencia, yo haria de nuevo mi tesis, peeeeero quizas lo consideraria mil veces porque es mucho tiempo invertido, para mi lo mejor seria un proyecto matematico, claro eso cabe si eres hardcore coder sino no, la idea es que con una tesis matematica, el objetivo es desarrollar el algoritmo que de x resultado deseado, o que haga x modelado, pocas interfaces y muchos resultados, los resultados es lo importante.
Una aplicación web, es un proyecto a mi parecer, para ser una tesis, demasiado grande, son demasiadas cosas a tomar en cuenta para hacerlo bien, y no tendras el shock en la audiencia como con algo de procesamiento de imagenes o acceleración de rendering por hardware (ejemplos todos de tesis desarrrolladas por mis compañeros)
Ahora si tienes tiempo, y quierees hacer aun una aplicación web como tesis, haz algo distinto, resuelve alguna problematica real de tu instituto, y hazlo con las tendecias gueb 2.0, si hay algo en comun en las aplicaciones web institucionales es que son feas, horribles en su mayoria, poco usables y poco atractivas para los estudiantes, plantealo y ve que puedes tomar de alli, ademas no hagas solo modulos basicos de administración, usa alguna tecnica que requiera de al menos 4 dedos de frente como programador (y aqui no intento ofender a nadie, solo que en mi uni en algunas facultades la gente se gradua con paginas web estaticas como tesis) data mining, data warehouse, o algo asi.
Saludos