BuenAS:
Imagina que quieres la típica aplicación con un menú de las distintas secciones de un site (Home, Gallery, contact...). Mi enfoque sería crear una clase para cada una de ellas, el menú, la galería de imagenes, la recopilación de datos de contacto... y en la clase documento (la clase principal de la aplicación) las instancio y las añado al escenario de la app.
Otro enfoque sería colocar todo ese código en el frame 1 de la línea de tiempo.
Los dos enfoques te van a dar el mismo resultado, pero en el segundo caso acabas teniendo lo que llamaba antes código El Señor de los Anillos: uno para dominarlos a todos (este chiste no es mio, si googleas un poco seguro que lo encuentras). O sea un código de cientos de líneas que es bastante complicado de depurar y mantener.
Por otro lado, las galerías de imágenes, los menús... suelen tener una funcionalidad muy parecida y solo cambian los skins (el aspecto de los botones, los fondos...) y si los tienes en clases es muy fácil reutilizarlos de una aplicación en otra, sólo cambiando dichos skins. Pero si esto lo tienes todo junto en la línea de tiempo, tienes que andar buscando qué codigo corresponde a qué parte de la aplicación y haciendo copy&paste (código que se te olvida, código que se duplica, variables que se llaman igual, etc.)
Un saludo.
P.D.:Por cierto, cuando compilas una app con código en la línea de tiempo, el compilador antes crea unas clases donde coloca dicho código (esto es transparente para tí) con el método addFrameScript() de MovieClip. Es un método no documentado, por lo que no lo busques en la ayuda