1) Mantener las sombras 100% con estilos, sin javascript.
2) "Generar" las sombras mediante javascript, aplicando los divs antes y despues del elemnto bloque que llevará las sombras, y de esta forma mantener un markup limpio y semántico.
Seguro que hay opiniones de todos lados no?
Ahora un añadido, y si el diseño obliga a usar sombras PNG pero queremos que la gente de IE6 tenga gifs y el resto png con lo que ello conlleva, usarías javascript para elegir?
Un saludo