Por ciertos efectos que veo en el video sospecho que lo han montado con Combustion y no con After Effects (el tema partículas y demás vienen por defecto en el Combustion, y concretamente, las de fuego y las lucecitas y patatín y ptatan todas, saqueadas honestamente del Particular Illusion)
Además, en Combustion es bastante más fácil realizar ese efecto en que las ramas crecen, parecen y se forman objetos (por lo menos para mí me es más facil que le tengo más mano a Combustion).
De todas maneras, yo creo que el mejor método es que utilices... MASCARAS...
Y que tengas las imagenes ya hechas y con sus canales Alfa. ¿Pinceles? ¡Eso es de nenas! (bueno, ciertamente no lo se, jamás he usado los pinceles del AF, es más se que están pero no se para que sirven)
Se que con las máscaras te saldrá seguro, básicamente porque una vez hice algo muy parecido y quedó bastante chulo. Si lo encuentro lo subieré... si no... pues nada, a imaginarselo.
Eso si, te advierto que el tema máscaras es un auténtico coñazo, si quieres hacer algo como en el video pero de todas formas creo que es el mejor sistema y el más rápido.
Suerte y paciencia y verás como sale, sobre todo con mucha paciencia.
Lo he realizado con un pinceles en after effects pero no queda bien, cuando las formas son complejas. asi q estoy a punto de rendirme.. 
