Hay tantos clones del original lightbox, cual estas utilizando? supongo que del que estes usando tienes la ultima version, ya varios lightboxes de las nuevas versiones lo que hacian era que cuando se ejecutaba el script, escondian todos los elementos flash, con eso ya no quedaban los flash sobre el div oscuro.
Otra opcion es que uses el parametro wmode=transparent en tu flash PERO no te lo recomiendo en flash que tengan botones o alguna interaccion por el estilo porque Firefox no soporta bien ese parametro, se raya y es bien dificil darle click a los botones si es una barra de navegacion en flash.
Lo que te recomiendo es que busques un lightbox que soporte ese error con los flash, como el
Slimbox entre sus caracteristicas dice:
It temporary hides flash animations and other embedded videos while it is open to avoid display bugs in some browsers. It also hides select boxes in Internet Explorer.Lo cual significa que oculta temporalmente los elementos flash mientras el script esta en funcionamiento.
Aqui te dejo un link con varios clones del lightbox original
http://www.fortysomething.ca/mt/etc/archives/005400.php