1. Meter código html dentro del ul de la navegación.
2. Añadir clases a los li
Os adjunto el código
Código :
      <!-- Esta es la función que estaba creando  -->
      <?php wp_nav_menu(array(
            'theme_location'=>'nav-top',
            'menu'=>'nav-top',
            'container'=>'nav',      
            'container_class'=>'container90 navTop',
            'menu_class'=>'horizontalList wrapper90',
            
            ));
      ?>
      <!-- Esta es la navegacion que quiero crear con la función -->
      <nav class="container90 navTop">
         <ol class="horizontalList wrapper90">
            <!-- Este es un elemento que he creado para hacer responsive
            la navegacion sólo con css y nada de javascript -->
            <!-- Este es uno de los PROBLEMAS -->
            <label for="checkboxNavTop" class="btnNavTop">
               <li class="icon-menu hidden "></li>
            </label>
            <input type="checkbox"   id="checkboxNavTop"class="checkNavTop hidden  ">
            
            <!-- ===================================================== -->
            <li class="itemPrimary"><a href="index.php">INICIO</a></li>
            <li class="itemPrimary"><a href="empresa.php">EMPRESA</a></li>
            <li class="itemPrimary"><a href="servicios.php">SERVICIOS</a></li>
            <li class="itemPrimary">PRODUCTOS
               <div class="MenuSecundary">
                  <ul class="colMenuSecundary">
                     <img src="<?php bloginfo('template_directory');?>/img/navtop/secundaryMenu/img1.jpg" alt="" class="imgMenuSecundary">
                     <img src="<?php bloginfo('template_directory');?>/img/navtop/secundaryMenu/img2.jpg" alt="" class="imgMenuSecundary">
                  </ul>
                  <ul class="colMenuSecundary">
                     <li class="itemMenuSecundary "><a href="sillas.php">Sillas</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="sillones.php">Sillones</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="modulos.php">Módulos</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="modulos.php">Mesas</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="taburetes.php">Taburetes</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="rotomoldeo.php">Rotomoldeo</a></li>
                  </ul>
                  <ul class="colMenuSecundary">
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="tumbonas.php">Tumbonas</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="parasoles.php">Parasoles</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="complementos.php">Complementos</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="taburetes.php">Tableros</a></li>
                     <li class="itemMenuSecundary"><a href="armazones.php">Armazones</a></li>
                  </ul>
               </div>   
            </li>
            <li class="itemPrimary"><a href="contacto.php">CONTACTO</a></li>
            
         </ol>
      </nav>
   					

 
  
			