BuenAS:
Pues si no quieres alejarte mucho de Flash: Flash Professional CS6. Exporta a HTML5 a partir de esta versión.
Y si tu te haces los SpriteSheets (imagenes con los frames de cada animación) con algún otro software, no necesitas Flash CS6 ya que todo está basado en esta colección de bibliotecas JavaScript desarrolladas por Grant Skinner
CreateJSTe recomendaría, si no dominas mucho JS, que empezaras exportando algún interactivo facilito con Flash CS6 para ver la estructura de la app web HTML5 que se genera, estudiarla, etc. Después, como digo, no necesitarás Flash salvo para generar los SpriteSheets.
Y aclarar también, Flash CS6 te permite también incluir código; pero básicamente lo que hace es copiarlo a las clases JS que genera y, por tanto, DEBE SER JavaScritpt y NO ActionScript. Esta utilidad de CS6 NO HACE ningún tipo de conversión entre AS y JS.
Un saludo.