hola yo hice algo asi con php y unas librerias llamadas FPDF y FPDI.
En pocas palabras lo que hice fue usar el archivo PDF existente como "fondo" y encima le puse una marca de agua, solo que el texto de la marca de agua no le puse transparencia, las marcas de agua las puse en las coordenadas X Y de los campos del documento "fondo" y con eso simule que lo llenaba, al final se genera un documento PDF nuevo con la marca de agua.
el link donde esta todo lo necesario es el siguiente:
http://www.4shared.com/file/c9WWq94g/tutorial_marca_de_agua_texto.html
lo pueden descargar libremente, el archivo comprimido ya contiene las librerias necesarias, solo tienen que editar el archivo llamado "marcatexto.php" este ya esta comentado con la explicacion, si no sirve el link de descarga me pueden avisar pra volver a subirlo.
Saludos