Aca dejo el codigo que tengo:
<?php
include 'conexion.php';
$conexion=conectar();
if (!$conexion) {
die('No se pudo conectar con el servidor');
}
$result=mysql_query('create database prueba');/*Hasta aqui funciona*/
mysql_select_db("prueba", $conexion) or die("No se pudo conectar con la base de datos");
/*$result=mysql_query(''use prueba);*/
/**/
$result=mysql_query('source d:\\prueba.sql');/*Esto funciona desde linea de comandos*/
system($command);
cerrar_conexion($conexion);
?>