Bueno, si son varios archivos .htm independientes, en Google Chrome puedes abrirlos y en el Menu Imprimir Selecciona la Opcion PDF. Una vez tengas todos los pdf's puedes unirlos en Adobe Acrobat o con el CutePDFWriter. Espero te sirva
Hola acrobat tiene una función que te importa un sitio web entero y conserva los enlaces es casi como la web. Tienes que configurar bien si no sale un encabezado con la dirección y otros datos. Lo que no respeta todo el CS3 los bordes salieron redondeados, y ciertos fondos también (png trasnparente, salio en negro); interpretó el JS ya que los twitts también están . Saludos