Separación de contenido y presentación en páginas dinámicas

De un tiempo a esta parte me he pasado al increiblemente complejo (y relativamente inútil) mundo de la separación de contenido, presentación y comportamiento (así como seguir estándares, accesibilidad y todas esas cosas que a los clientes les da lo mismo, pero como ahora trabajo por mi cuenta y soy así de masoquista...).

En este tiempo, me he encontrado más de una vez con un problema que no he sabido resolver de manera satisfactoria: separar completamente el contenido (XHTML) de la presentación (CSS) y el comportamiento (Javascript) en páginas dinámicas.

Pongo un ejemplo: los mensajes de error de un javascript en distintos idiomas.

Lo normal, es que al generar el código PHP, en la cabecera del HTML pongas el típico SCRIPT donde defines que, para tal error, el mensaje va a ser X, donde X varía según el idioma.
¿Cómo se podría hacer esto para separa el contenido del comportamiento (vamos, para no poner SCRIPTs por ahí en el HTML)? Más concretamente, ¿Cómo lo haceis vosotros, oh gurús de los estándares?

Gracias por vuestro tiempo.

Ya que lo dices así, puedes intentar estudiar un poco sobre el increíblemente complejo e inútil mundo de DOM, qué por si fuera poco lo anterior, te aviso de una vez que no es exactamente lo que buscas. Pero su implementación ayuda a la manipulación de los elementos del HTML externamente y de forma organizada, lo que te permite usar archivos separados.