A ver... en cuanto a mis ideas, que no son muy originales porque algunas ya las tiene basecamp
Asignarle una empresa a los proyectosEn este caso no sería la empresa "cliente" sino la empresa que está desarrollando el proyecto... Yo como freelance tengo proyectos con algunas empresas de web design y me vendría bien ver dichos proyectos separados... En esto no estoy muy seguro si esté bien hacerlo así para todos los casos o vaya a crear algún problema, etc.
Status del proyectoPasa que a veces me gustaría tener ordenado los proyectos por cuales están listos, cuales están en la etapa de diseño, cuales en desarrollo o en testing, y como tal no hay forma de asignarle un status a los proyectos. Tal vez podría ser de utilidad.
En nokahuna puedes tenerlos a la vista / ocultos, me di cuenta que en basecamp los puedes tener "bloqueados" (no se puede hacer ninguna actividad), me imagino que para proyectos culminados o en stand-by... También se podría implementar algo de esto...
Fecha límite del proyectoSimilar al punto anterior, para saber que proyectos están atrasados o cerca de su fecha limite, o cuales al dia...
Fecha límite de la tareanokahuna no lo tiene, y basecamp lo tiene en las "milestones" una milestone según entiendo es como una meta, por ej. "entregarle el diseño de la página al cliente" mientras que una tarea es algo más sencillo como "cambiarle el color al fondo". A mí no me parece necesario crear un módulo aparte de milestones...
Tal vez dentro de la tarea se podría seleccionar una opción de milestone o no, o simplemente agregarle una fecha limite que sea opcional.
PermisosMe parece que, como en basecamp, estaría bien que haya un "account owner", "administrators" y simples usuarios... Tal vez en un futuro usar una clase de ACL para manejar permisos más complejos...
DiseñoEl diseño (creo yo) debe ser bastante limpio y el maquetado elástico (sorry Ramm

).
Skins / Themes por proyectoTal vez sería bien que el usuario pueda personalizarle el color de fondo o algo asi a cada proyecto, para que se vean distintos...
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Bueno, es todo de algunas de mis sugerencias
@Ramm: se que dijiste algo sencillo que no fuera basecamp

pero podríamos tener como un bosquejo de todas las ideas o cosas que se pudiesen agregar (ir escogiendo unas, descartando otras) y a la final, escoger las más básicas o esenciales para comenzar el proyecto pero teniendo en cuenta posibles "updates" para más adelante...
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Bueno, espero que alguien más que haya usado estos sistemas de tareas y quisiera algún featured o hay algo que piense que se pueda cambiar, etc... decida participar con alguna sugerencia
Saludos