suspender una consulta en proceso

¿Cómo hago para suspender un Query en proceso (Select x,y,z from a,b,c where o=xxxx p>88888 order by algo desc) en caso de que no desee esperar su finalización?
Tengo un sistema en el cual los usuarios navegan indiscriminadamente y dejan "abiertos" sus procesos, por ejemplo entran a ver clientes y sin que terminen saltan a ver facturas y luego regresan a ver clientes y como la transaccion original no ha terminado generan otra igual y dejan la de facturas en proceso. Ya los limite a que no pasen de un proceso a otro hasta que termine en el que estan o lo cancelen pero no se como cancelar la transacción en MYSQL.
Saludos.

No se como detener una query ni si se podrá, pero yo te recomendaría que hicieras consultas más "cortas" y aplicaras paginación a los datos, por ejemplo mostrándolos por grupos de 10, así es menos probable que los usuarios naveguen fuera antes de que termine de cargar la página y aún si lo hicieran el proceso acabaría más rápidamente. Esto lo puedes lograr agregando LIMIT a tus consultas.

No es posible hacerlo de esa forma pq hay procesos que requieren de traer la información necesaria como los productos por comprar, para lo cual buscas los que tienen pedidos por surtir, estan abajo del minimo, etc. y si lo limitas a 100 por ejemplo, el usuario no sabría realmente que debe comprar dado que vería tantas consultas de 100 productos como resultaran, te aclaro que tenemos todo paginado en 25 registros pero nuestro catalogo de productos cuenta con 18,000 registros, clientes con 76,000 y movimientos de almacén con un poco más de 230,000 registros, todos indexados hasta donde es posible y lógico. Agradezco tu sugerencia.