Hola, bueno primero que nada te recomiendo te checkes el CMS
OsCommerce ya es una tienda completa y programada en PHP. ve los Demos en esa misma pagina, a lo mejor es lo que quieres y ya no te peleas tanto. haaaaa, es gratis.
Retomando tu caso, lo que hagas en HTML te puede servir para despues, con mas HTML y lenguajes de servidor(PHP) poner el carrito de compras y el catalogo y esas cosas de tiendas on-line, osea, si es compatible.
Mmm, si haces toda la web en flash, tambien puedes comunicar flash con el servidor, osea, PHP se encararia de leer la base de datos y regresarle la informacion a flash y flash se encargaria de representarla y usar dicha informacion.
Te recomiendo, las primeras opciones, suerte.