Todo depende de las licencias de tus programas. Por lo general (sea libre o no) la licencia de un programa es para ese programa, no para los archivos que puedas generar con el (en soft libre dudo que algun dia se de ese caso, pero con el propietario



)
Es decir, si tu aceptaste la licencia de "tal o cual" programa y esta licencia te dice que solo puedes usarlo los martes de luna llena, vestido con la ropa interior de tu mujer mientras corres en una cinta andadora... así debe de ser. Igualmente si te dice que los archivos generados con tu programa deben de ser borrados inmediatamente después de su creación debe de ser así.
Con el soft libre tu puedes hacer lo que quieras con el PROGRAMA (imagino que con el resultado también) aunque todo depende de la LICENCIA del mismo. Con PHP no te va a pasar.
Otra cosa MUY DIFERENTE, es que en tu programa uses código/archivos que estén bajo licencias de soft libre. Aunque por lo general no debe de haber problema, en ocasiones si que pueden decir que las modificaciones que hagas deben de ser libres/opensource. Que es muy diferente de que sea de pago o no. Un ejemplo es linux, es libre, pero algunas versiones son de pago.
Libre NO SIGNIFICA gratuito