Yo los tengo:
SWF + HTML + PHP en el mismo nivel
Has de leer bien el php para que las rutas cuadren con la colocacion de los archivos SWF y PHP, luego repasate el FLA y controla que las rutas tambien sean las correctas.
ejm.
http://www.tuserver.dominio/elphp.phppues en el FLA tendras que tener esa URL que envie al archivo php las variables que se tengan que enviar, si te equivocas o pones otra ruta no funciona, tambien esta explicacion sirve para las rutas en el PHP.
Espero servirte de ayuda!!! Repasa bien las rutas en el PHP y el FLA amigo