La respuesta llega tarde... pero llega.
Bueno el archivo que genera Dreamweaver es un script de java que ejecuta los elementos flash en exploradores que no soportan la etiqueta <object>, ya que Microsoft habia anunciado cambios en el explorador y adobe se adelantó. Te preguntas ¿Por que se reproducen los archivos aún al eliminar el script?, bueno, yo creo que Microsoft como que no eliminó la etiqueta, (ni ningún explorador popular), pues esta etiqueta es la misma que se utiliza para insertar videos de YouTube, y además la versión del script que trae CS3 no muestra los videos de YouTube en IE6, por lo que yo he usado la versión anterior que trae el Macromedia 8. Cuando se inserta el script en el xhtml, tambien se colocan etiquetas de <noscript>, y dentro de estas está la etiqueta <object>, osea que si no se puede ejecutar el script (por que no tiene java, o talvez porque eliminó el archivo), entonces se ejecutan las etiquetas <object>.
Exitos...