Las funciones de PHP las llamas desde PHP, ya sea incluyendo el archivo con include o require.
para usar Jquery con AJAX
checa la documentación oficial
http://api.jquery.com/jQuery.ajax/
tan facil como
Código Javascript :
$.ajax({
type: "POST",
url: "tupagina.php",
data: { nombre: "El fego", numero: 20 }
}).done(function( msg ) {
alert( "Los datos que se recibieron: " + msg );
});
y en la pagina PHP
Código PHP :
<?php
echo = "nombre: ".$_POST["nombre"]."y numero: ".$_POST["numero"];
?>