Depende del entorno de escritorio que uses.
Suponiendo que uses KDE tendrias que ir a : KControl -> Regional y accesiblidad -> Teclas rapidas de KDE, ahi colocas "Nueva accion". Le das un nombre. Tipo de Acción->Acceso rápido de teclado -> Comando/URL (simple). Dentro de acceso rapido le das la combinacion de teclas. Pestaña Preferencias de Comando/URL-> /usr/bin/3ddesk --goto = 1.
Esto te llevaria al escritorio uno, tendrias que crear una nueva combinacion para cada uno de tus escritorios (/usr/bin/3ddesk --goto = 2 , /usr/bin/3ddesk --goto = 3 ...)
En Gnome seria parecido supongo, solo que dentro de su sistema de administracion
Para fluxbox (si no lo usas te lo recomiendo!!) solo abres fluxconf (si no lo tienes instalado abres ~.fluxbox/keys con algun editor), ahi seleccionas una combinacion de teclado, luego ExecCommand y el comando (/usr/bin/3ddesk --goto = #)
PD:
http://fluxbox.sourceforge.net