Mira tu haces un Send and Load con FLASH -> PHP -> FLASH (busca un tuto, hay cientos) y cuando descargue el archivo que, en lugar llevarte a, directamente,
http://tuweb.com/archivos/archivo.zip, te lleve a
http://tuweb.com/archivos/archivo.php?id=1, y entonces ahí le dices que se ponga +1 en la BD (deberás tener una BD con todos los archivos, te recomiendo hacerte un mini-panel de administración para introducir archivos directamente desde una página PHP con la función copy y que ya de paso te haga una nueva row en la BD) luego ya le rediriges a la URL del archivo archivo.zip, y ya está. Luego con el método Send and Load envías por Flash el nombre del archivo, lo busca en la BD, y te devuelve el número de descargas.
Sé que no me explico bien... Pero bueno, si sabes un poquito de PHP habrás entendido todo, porque tu problema no sería más que buscar un tuto de SaL.