Altura de las Div's

Amigos les cuento tengo una web donde hay una div contenedora que tiene dentro suyo otras div’s. El problema es que alguna de las div’s no tienen contenido pero si tienen bordes y me gustaria que su altura fuera igual que las de la div contenedora pero no hay forma.

Este es el CSS de las div’s

(Div Contenedora)
#Contenido {overflow:auto; padding:5px 0px 5px 0px;}

(Div que quiero que tenga el largo de la contenedora)
#Separador{ border-left:1px solid #D6D6D6; float:left; height:100%; }

Me habia olvidado de decir que la div contenedora no tiene definida su altura es ese el problema. Si estubiera definida #Separador adaptaria su largo al de #Contenido pero #Contenido es de altura variable por eso mi problema… espero ser calro y espero una ayudita..

Es mejor ayudarte si nos pones un ejemplo gráfico o un lugar donde podamos ver la página como está, si no estoy mal lo que quieres hacer es que se vea un fondo con un borde, si es así puedes mirar los siguientes tips:
Columnas variables de igual altura con div y CSS
Sombras con CSS
o buscar por Faux Columns.
Si no es nada de lo anterior, intenta explicar mejor tu problema.
Saludos

Encontré una solución con javascript pero con esa “solución” vino otro problema..

La solución es haciendo que por medio de javascript el div tome la altura del div contenedor.. Ahora bien resulta que yo tengo dos divs que tienen que tomar el mismo tamaño el problema esta en que solo toma el tamaño la primera div especificada en el código javascript fíjense:

Código :

function Altura(){
var Altura_Total=document.getElementById("Contenido").offsetHeight;
Altura_Definitiva= Altura_Total-10;
document.getElementById("[b]Centro[/b]").style.height=Altura_Definitiva+"px";

/*El Div Centro toma la altura perfectamente mientras que Lateral no */

document.getElementById("[b]Lateral[/b]").style.height=Altura_Definitiva+"px";
}

Código :

function Altura(){
var Altura_Total=document.getElementById("Contenido").offsetHeight;
Altura_Definitiva= Altura_Total-10;
document.getElementById("[b]Lateral[/b]").style.height=Altura_Definitiva+"px";

/*si yo cambio la posición del código y pongo primero Lateral este toma la propiedad y Centro no */

document.getElementById("[b]Centro[/b]").style.height=Altura_Definitiva+"px";
}

Espero alguna ayudita

Prueba a poner esa capa con position absolute y los valores top:0; bottom:0;

Se que esto no te ayuda a solucionar tu problema, pero tómatelo como consejo para siguientes páginas: intenta hacer tus páginas lo más semánticas posibles, que cada etiqueta defina lo que contiene. Por ejemplo, para un texto usa <p>, <ol> o <ul> para las listas, etc., dejando los divs sólo para agrupar elementos.

Todo esto viene a que semánticamente un div vacío no tiene sentido. La corrección semántica es cada vez más importante en navegadores y buscadores.

Un saludo.