muchos archivos con php

quiero guardar muchos archivos en una carpeta(para un sistema de archivos) php va a tener en una DB el link a cada archivo para luego copiarlo en el usuario(sin que el usuario tenga acceso a esta carpeta).
¿existe algún limite practico en dejar muchos archivos en una sola carpeta con estas condiciones?
pues me dicen que para otro sistema con 5.000 archivos empezarón a tener problemas.

La unica limitacion que podria tener es por parte del server, hice un sistema asi como el que mencionas, solo que es de descarga y no he tenido problemas

en caso de que tubieras problemas por "capacidad en archivos dentro de una carpeta" entonces podrias ordenar tus archivos por categoria y luego por orden alfabetico (se me ocurre) o sea




y asi poder "controlar" el "peso exesivo en carpetas"