Tendrías que tener en el CD todo tu trabajo en las dos plataformas, solamente podrían compartir ficheros comunes como imágenes, swf, etc.
Para esto te recomiendo el Zinc, aunque su precio es elevado puedes hacer ejecutables para Mac, PC y Linux a partir de un simple SWF.
ahora para crear el fichero autorun en Windows un txt renombrado a autorun.inf:
Código :
[autorun]
open=ejecutable.exe
icon=icono.ico
En mac se complica la cosa, lo que más se hace es gestionarlo a través de QuickTime y a la vez Toast que permite seleccionar el archivo (el ejecutable Mac) que deseamos abrir automáticamente al insertar un CD.