colocale a tu flash
esto dentro del object: <param name="wmode" value="transparent" />
y esto dentro del embed: wmode="transparent"
cojn eso ya te debe funcionar
Ejemplo
Código HTML :
<object classid="clsid:D27CDB6E-AE6D-11cf-96B8-444553540000" codebase="http://download.macromedia.com/pub/shockwave/cabs/flash/swflash.cab#version=7,0,19,0" width="410" height="410">
<param name="movie" value="flash/menuporter.swf" />
<param name="quality" value="high" />
<param name="wmode" value="transparent" />
<embed src="flash/menuporter.swf" quality="high" pluginspage="http://www.macromedia.com/go/getflashplayer" type="application/x-shockwave-flash" width="410" height="410" wmode="transparent"></embed>
</object>