Problema al poner vídeo en CD Flash

Hola, estoy haciendo un cd multimedia y tengo que meterle una animación en forma de vídeo, con su play, stop y esas cosas.
La animación dura 3 minutos. El primer problema es que cuando la exporto a .mov el resultado es un vídeo que a la mitad se pone todo rojo y no se ve nada.
Por ello lo exporto en dos partes y lo uno en after effects. Una vez unido lo importo como flv y al verlo en el cd va dando saltitos a partir de la mitad.

Alguien sabe una forma de meter una animación como vídeo y que se vea bien?

Lo mejor es que exportes como secuencia de imágenes (mejor PNG), importes la secuencia en AfterEffects y exportes desde el mismo como FLV.

Ok gracias, probaré así pero lo cierto es que el problema parece ser del audio. El sonido son diferentes archivos .wav y deben pesar mucho porque cuando exporto con sonido da saltitos, mientras que si lo hago sin sonido el vídeo sale bien.

Probaré a hacer lo que tu dices y le meteré el sonido en After en formato .mp3, a ver si así sale bien, secuencia PNG + mp3.