Yo esto lo hago mediante jsfl.
Te explico como hacerlo:
Creamos un nuevo documento .jsfl
Código ActionScript :
File/New/General/Flash JavaScript File
Y a continuación copias y pegas el siguiente código:
Código ActionScript :
for(doc in fl.documents)
{
fl.documents[doc].publish();
fl.documents[doc].close();
}
Una vez creado el script .jsfl, para ejecutarlo debes ir a
Código ActionScript :
Commands / Run Command
Y buscas el .jsfl que has creado.
Esto es la base. Con este código lo que consigues es publicar y cerrar todos los .fla que tengas abiertos.
Modificando un poco el código podrías conseguir que te publicara todos los elementos de una carpeta que tu selecciones.
Espero que te sirva.