el id del boton en tu ejemplo es b2 y como esta dentro del segundo repeater entonces accesas así
Código ActionScript :
b2[0][0].visible=false
mucho más solido
Código ActionScript :
Button(b2[0][0]).visible=false;
Te adjunto el programita con el que hice las pruebas
Si quieres que todo el VBox sea visible o invisible 
Código Flex :
<mx:VBox id=v width="100%" height="100%" borderColor="#595C5E">
y en as
Código ActionScript :
VBox(v[0]).visible=false;
Aca te dejo el codigo del programa con el que estuve jugando
Código ActionScript :
<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<mx:Application xmlns:mx="http://www.adobe.com/2006/mxml" initialize="init()" xmlns:comp="components.*">
   <mx:Script>
      <![CDATA[
import mx.collections.ArrayCollection;
      [Bindable]private var arrList5:ArrayCollection=new ArrayCollection([{label:1},{label:2},{label:3},{label:4}]);
      [Bindable]private var arrList6:ArrayCollection = new ArrayCollection([ { label:1 }, { label:2 }, { label:3 }, { label:4 } ]);
      
      
      private function onItemClick(event:MouseEvent):void {
         trace(event.target)
      }
      [Bindable]private var apagado:Boolean = false;
      private function makeVisible():void {
         //VBox(v[myStepperR2.value]).visible = apagado;
         Button(b2[myStepperR2.value][myStepperR3.value]).visible=apagado
         if (apagado == false) {
            apagado = true;
         }else {
            apagado = false;
         }
      }
      ]]>
   </mx:Script>
   <!-- <comp:TubingMain/> -->
   <mx:Repeater id="r2" dataProvider="{arrList6}" >
      <mx:VBox id="v" width="100%" height="100%" borderColor="#595C5E">
         <mx:Repeater id="r3" dataProvider="{arrList5}" >
            <mx:Button id="b2" width="100%" height="100%" label="carta{r2.currentItem.label+''+r3.currentItem.label}" click="onItemClick(event)" />
         </mx:Repeater>
      </mx:VBox>
   </mx:Repeater>
   <mx:VBox>
      <mx:HBox>
         <mx:HBox>
            <mx:Label text="R2"/>
            <mx:NumericStepper id="myStepperR2"/>
         </mx:HBox>
         <mx:HBox>
            <mx:Label text="R3"/>
            <mx:NumericStepper id="myStepperR3"/>
         </mx:HBox>
         <mx:Button label="Visible/Invisible" click="makeVisible()" />
      </mx:HBox>
      <mx:Label text="{apagado}"/>
      <mx:Label text="{arrList5.getItemAt(myStepperR3.value).visible}"/>
   </mx:VBox>
</mx:Application>