php y javascript

Mi problema consiste en que desde una pagina PHP que tiene la funcion de eliminar capturo el campo a eliminar, eso lo mando a otra pagina que tiene codigo javascript para confirmar (confirm), para asegurarme de que se desea eliminar el campo, luego va a una pagina PHP que elimina dicho campo.
Lo he echo de esta forma porque hasta donde entiendo PHP y javascript no funcionan juntas, y de echo no he podido hacer todo esto en una misma pagina.

PAGINA 1. -
FORMULARIO DONDE SE CAPTURA EL CAMPO A ELIMINAR. El cual se debe capturar en la pagina JavaScript para pasarlo a la pagina que elimina.
<form method="post" action="elimfac.php">
<table width="519">
<tr>
<td width="90" class="Estilo4" height="35">Facultad</td>
<td width="273"><input type="text" name="facultad" /></td>
<td width="140" colspan="2"><input type="submit" value="Eliminar" /></td>
</tr>
</table>
</form>

PAGINA 2.
PAGINA JAVASCRIPT QUE PIDE CONFIRMAR LA ELIMINACIÓN. En esta pagina se debería capturar la variable facultades que paso desde la pagina anterior pero no se hacerlo en javascript.
<script language="Javascript">
var ventana=confirm("Confirme si Desea Eliminar este Elemento?");
if (ventana==true) {
window.location="eliminafac.php";
} else {
window.location="efacultad.php";
}
</script>

PAGINA 3.
PAQUINA QUE ELIMINA EL REGISTRO EN LA BASE DE DATOS. Código en php y mysql para eliminar el campo que se selecciono en la pagina 1.
<?php
require_once('Connections/gestion.php');
mysql_select_db ($database_gestion, $gestion);
mysql_query ("DELETE * FROM facultades, mod_facultad WHERE facultades.cod_facultad = '$facultad'
AND mod_facultad.cod_facultad = '$facultad'", $gestion);
?>
<script language="javascript">
alert ("Se ha Eliminado un Registro de la Base de Datos!");
window.location="efacultad.php";
</script>

Agradezco la colaboración

Primero:

Código HTML :

<!--Agregarle id a los objetos y cambiar el tipo de boton de submit a button-->
<form method="post" action="elimfac.php" id="formElimina">
<input type="text" name="facultad"  id="facultad" />
<input type="button" value="Eliminar" id="Eliminar" />

Segundo:

Código Javascript :

//Usar los metodos getElement
document.getElementById('Eliminar').onclick = captura;
function captura(){
var facultad = document.getElementById('facultad').value;
var ventana=con...
...
document.getElementById('formElimina').submit(); 
}

Tercero:

Código PHP :

//Recibir los valores desde el archivo donde esta el formulario
<?php
$facultad = $_POST['facultad'];
require_once...

Creo que falta definir lo que es $gestion; el codigo .js
deberias incluirlo en el archivo donde esta el formulario que supongo es html.
espero haberte ayudado y cualquier duda me avisas.

Suerte