depende, para comenzar si tu archivo "grande" y los miles menores pesan exactamente lo mismo, por logica va a tardar mas en cargar los miles pues el navegador hace un llamado a cada uno osea es pedir mil archivos uno a uno y esperar la respuesta del servidor uno a uno, en cambio con un js grande solo pides un archivo y se te da una respuesta, la descarga al final de cuentas vendra a cargo de tu proveedor de internet
pero si piensas pedir los js
onDemand ahi si hay probabilidad de que sea mejor mil pequeños que uno grande pues podrian haber funciones que el usuario jamas utilize y sean cargadas por que si