No existe algo como agregar una capa en tiempo de ejecucion,pero el manejo de la profundidad de los objetos si lo puedes hacer, debes de saber que cada que haces un addChild(); en tu movieclip este nuevo "child" se pondra arriba de todos los demas:
Código ActionScript :
var a:MovieClip=new MovieClip();
var b:MovieClip=new MovieClip();
var c:MovieClip=new MovieClip();
addChild(a);
addChild(b);
addChild(c);
//Si haces esto "a" queda debajo de "b" y "b" debajo de "c"
Con eso en mente ya puedes ir acomodando tus imagenes